La litière doit être changée régulièrement. L'intervalle de nettoyage varie en fonction de l'espèce animale. L'urine des rats et des souris dégage une odeur intense et les enclos doivent être nettoyés jusqu'à deux fois par semaine. Pour les lapins, il est souvent possible de ne changer que le coin à déjections et le reste selon les besoins. Les enclos des hamsters et des gerbilles ne doivent pas être changés aussi souvent, sinon les animaux ne se sentent plus à l'aise. Lorsque l'on change la litière, il faut toujours laisser une partie de l'ancienne litière dans l'enclos.